Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН) России создана в 2004 году согласно указам президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" и от 13 октября 2004 года № 1314 "Вопросы Федеральной службы исполнения наказаний".

ФСИН стало правопреемницей Главного Управления исполнения наказаний России (ГУИН), с 1998 года находившегося в ведении Министерства юстиции РФ, ранее   в введении Министерства внутренних дел РФ.

ФСИН является центральным управляющим органом российской пенитенциарной системы, осуществляющим руководство учреждениями и органами, исполняющими наказания в виде лишения свободы.

В ее структуру входят также уголовно исполнительные инспекции и следственные изоляторы.

Основными целями и задачами ФСИН являются:

1) исполнение в соответствии с законодательством Российской Федерации уголовных наказаний, содержание под стражей лиц, подозреваемых либо обвиняемых в совершении преступлений, и подсудимых;
2) контроль за поведением условно осужденных и осужденных, которым судом предоставлена отсрочка отбывания наказания;
3) обеспечение охраны прав, свобод и законных интересов осужденных и лиц, содержащихся под стражей;
4) обеспечение правопорядка и законности в учреждениях, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы; обеспечение безопасности содержащихся в них осужденных, лиц, содержащихся под стражей, а также работников уголовно исполнительной системы, должностных лиц и граждан, находящихся на территориях этих учреждений;
5) охрана и конвоирование осужденных и лиц, содержащихся под стражей, по установленным маршрутам конвоирования, конвоирование граждан Российской Федерации и лиц без гражданства на территорию Российской Федерации, а также иностранных граждан и лиц без гражданства в случае их экстрадиции;
6) создание осужденным и лицам, содержащимся под стражей, условий содержания, соответствующих нормам международного права, положениям международных договоров Российской Федерации и федеральных законов;
7) организация деятельности по оказанию осужденным помощи в социальной адаптации; 8) управление территориальными органами ФСИН России и непосредственно подчиненными учреждениями.

Деятельность ФСИН осуществляется по следующим направлениям:

   социальная, воспитательная и психологическая работа;
   психологическое обеспечение;
   медицинское обеспечение;
   просветительская деятельность;
   трудовая адаптация осужденных;
   обеспечение прав человека в уголовно исполнительной системе;
   федеральные целевые программы;
   исполнение наказаний, альтернативных лишению свободы.

С 2004 по 2009 год директором ФСИН был Юрий Калинин.

В августе 2009 года Указом президента Российской Федерации новым директором ФСИН был назначен Александр Реймер. До назначения директором ФСИН генерал лейтенант милиции Александр Реймер возглавлял ГУВД Самарской области.