История органов, разрешающих экономические споры на территории Алтайского края, начинается с 11 ноября 1937 года, когда был создан Государственный Арбитраж при Алтайском крайисполкоме.

До 1972 года надзор за законностью решений Госарбитража осуществлял юротдел Крайисполкома, а с 1972 года функции надзора перешли к Государственному Арбитражу РСФСР. Постановлением Совета Министров РСФСР от 14 апреля 1987 года Госарбитраж при Алтайском крайисполкоме был выведен из аппарата крайисполкома и переименован в Государственный арбитраж Алтайского края, получив при этом больше самостоятельности и независимости как судебный орган.

В 1991-1992 годах произошло окончательное обособление Государственного арбитража Алтайского края от органов управления путем преобразования и реформирования судебных органов. На основании Закона РСФСР "Об арбитражном суде" от 4 июля 1991 года и приказа краевого арбитражного суда от 29 июня 1992 года № 1 Государственный арбитраж Алтайского края был преобразован в Алтайский краевой арбитражный суд.

С введением в действие Федерального конституционного закона "Об арбитражных судах в Российской Федерации" с 1 июля 1995 года арбитражный суд стал именоваться как Арбитражный суд Алтайского края.